Nell'archivio comunale di San Miniato sono conservati molti fondi archivistici che non hanno nessuna relazione con l'attività del Comune. Tale materiale è stato riunito in questa sezione dell’inventario e suddiviso in quattro parti, corrispondenti ad altrettante tipologie di produttori di documentazione (enti pubblici, compagnie laicali e enti assistenziali, privati, ecclesiastici).
E’ inoltre conservato un nucleo di documenti provenienti dall'ufficio distrettuale delle imposte dirette del Comune che comprende in modo assai frammentario e lacunoso gli atti prodotti da questo ufficio dal 1865 al 1940. Il fondo è stato inventariato con numerazione autonoma (nn. 1-246) ed è accessibile per la consultazione.
In epoca recente sono stati versati nell'archivio comunale di San Miniato anche gli archivi storici degli Spedali riuniti di San Miniato, della Fattoria di Santa Gonda e della fattoria della Casaccia, che al momento sono in fase di inventariazione.
Di pertinenza degli archivi aggregati è anche l'Inventario provvisorio di documenti originali e materiali sulla Piaggio di Pontedera.